La historia comienza con un nuevo grupo de enemigos que amenazan con destruir la aldea de la Hoja usando una técnica de alucinaciones llamada “genjutsu” que hace que los habitantes del pueblo vean a sus amigos como adversarios y se enfrenten a ellos. Para empeorar aún más las cosas, el enemigo ha construido barreras alrededor del pueblo que impiden que los habitantes puedan escapar del efecto de esta técnica. Los jugadores controlarán a Naruto y a sus compañeros ninja para defender el pueblo y perseguir al cerebro del grupo de enemigos.Todos los personajes y técnicas ninja están fielmente representados en esta entrega de la saga y el jugador sólo tendrá que ejecutar los movimientos reales de un ninja con el mando de Wii para luchar. Si encadenas varios movimientos distintos de la mano, podrás conseguir distintos efectos, como por ejemplo restaurar chakras o elevar temporalmente la fuerza del personaje.La acción multijugador está perfectamente cubierta con la posibilidad de que hasta cuatro jugadores luchen al mismo tiempo, pero el juego tampoco descuida al jugador solitario, que en el modo Misión podrá extender aún más el juego completando una serie de misiones diferentes. Cada personaje debe superar diez misiones y al completar cada una se le puntúa según como lo haya hecho. Hay siete niveles de puntuación, por lo que podrá pasarse horas y horas retándose a sí mismo para ascender desde aprendiz hasta el rango más alto, el de Hokage.
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